Oude klonen
Een groep van internationale onderzoekers heeft een groot zeegras kolonie ontdekt dat wel 1400 jaar oud is. Dit lukte dankzij de ontwikkeling van een nieuwe methode voor leeftijdsbepaling van voor klonen dat de groep onlangs in Nature Ecology & Evolution gepubliceerde.
Van organismen die zich verspreiden door zichzelf te klonen is moeilijk te bepalen hoe oud ze zijn. Bijvoorbeeld wanneer ze voor het laatst zijn ontkiemt uit zaad. Om daar verandering in te brengen keken de onderzoekers naar somatische genetische variatie. Dit is de variatie in het genoom dat zich opstapelt in germlijn cellen als gevolg van bijvoorbeeld UV-straling. Dus niet de foutjes die erin sluipen tijdens het kopiëren van het DNA bij celdelingen.
Nu al gebruiken onderzoekers somatische genetische variatie om te achterhalen hoe lang geleden de voorouder van twee soorten leefde. Maar om het ook te gebruiken om de leeftijd van klonen mee te bepalen waren er een paar aanpassingen in de berekening nodig. Deze vonden de onderzoekers met behulp van moduleren. Zo ontdekte ze ook dat de hoeveelheid aanwezige germlijn cellen invloed heeft op hoe nauwkeurig de berekening is.
Met de snelheid van de ophoping van somatische mutaties berekende de onderzoekers hoe oud een kloon is
Na het aanpassen van de benodigde berekening was het tijd om na te gaan of de methode ook echt werkt. Voor het kalibreren van de methode gebruikte de onderzoekers twee groot zeegras kolonies waarvan bekend was hoe oud ze waren, 4 en 17 jaar. Als eerste gingen de onderzoekers na van welk weefsel ze het beste monsters konden nemen. Hiervoor bestudeerde de onderzoekers de groeikernen. Hieruit bleek dat de meeste cellen die uiteindelijk de bladeren vormen direct uit van de germlijn cellen in de groeikern komen.
Door meerdere bladeren van individuele klonen in de kolonies te bemonsteren konden de onderzoekers na gaan hoeveel variatie tussen de klonen en kolonies zat. Hieruit kon de snelheid waarmee somatische genetische variatie zich ophoopt worden vastgesteld. Deze snelheid gebruikte de onderzoekers om de berekening te kalibreren.
Vervolgens bemonsterde de onderzoekers wereldwijd 15 groot zeegras kolonies. Alhoewel de meeste van die kolonies jonger dan 40 jaar bleek te zijn. Waren er ook 4 uitschieters die ouder dan 270 jaar waren, en een die dus meer dan 1400 jaar oud was. De onderzoekers hopen dat de methode kan helpen bij onderzoek naar hoe robuust kolonies van klonen zijn.
Literatuur
Yu, L., Renton, J., Burian, A. et al. A somatic genetic clock for clonal species. Nat Ecol Evol (2024). https://doi.org/10.1038/s41559-024-02439-z
Plant en Zo 